シンポジウム・ワークショップ

第8回 NTChem ワークショップ

2018年3月19日(月) フクラシア東京ステーション (朝日生命大手町ビル 6階) にて、NTChemに関するワークショップを開催します。

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International Workshop on Massively Parallel Programming for Quantum Chemistry and Physics 2018

2018年1月15日(月)-17日(水) 理化学研究所 仁科ホールにて、大規模並列計算に関するワークショップを開催します。

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第7回 NTChem ワークショップ

2017年3月15日(水) 理化学研究所 東京連絡事務所 日本橋一丁目三井ビルディング(コレド日本橋) 15階にて、NTChemに関するワークショップを開催します。

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International Workshop on Massively Parallel Programming for Quantum Chemistry and Physics 2017

2017年1月9日(月)-10日(火) 計算科学研究機構(AICS)にて、大規模並列計算に関するワークショップを開催します。

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第5回 NTChem ワークショップ

2016年3月9日(水) 秋葉原UDX6階カンファレンスにて、NTChemに関するワークショップを開催します。

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第4回 NTChem ワークショップ

2015年9月25日(金)計算科学研究機構(AICS)にて、NTChemに関するワークショップを開催します。

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第3回 NTChem ワークショップ

2015年3月12日(木)計算科学研究機構(AICS)にて、NTChemに関するワークショップを開催します。

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CJK-WTCC-II

2015年1月20日(火)-23日(金)理化学研究所(AICS)にて、The Second China-Japan-Korea Tripartite Workshop on Theoretical and Computational Chemistry (CJK-WTCC-II)を開催します。

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第2回 NTChem ワークショップ

2014年9月3日(水)計算科学研究機構(AICS)にて、NTChemに関するワークショップを開催します。

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異分野融合による新材料開発のための計算科学
- 光合成マンガンクラスターの理論計算 -

2014年3月8日(土) 計算科学研究機構(AICS)にて、開催します。

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次世代太陽電池の動向と展望~京を用いた新材料設計に向けて~

2014年3月4日(火) 計算科学研究機構(AICS)にて、開催します。

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第1回 NTChem ワークショップ

2014年2月25日(火)計算科学研究機構(AICS)にて、NTChemに関するワークショップを開催します。

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量子系分子科学セミナー

最新のセミナー

第31回 量子系分子科学セミナーを以下のように実施いたします。

日時: 2018年1月19日(金) 13:30-14:30

場所: 理化学研究所 計算科学研究機構 R104 会議室

講演者: 徳久淳師 氏 (理化学研究所)

講演タイトル: "ゲノム医療分子シミュレーション基盤構築に向けて -XFELデータ同化による生体高分子構造多形推定に関する研究-"

要旨:
 近年、網羅的な配列解析により効率的に診断し効果的に治療を行うゲノム医療が推進されている。我々はゲノム医療のさらなる高度化を目指し、 マルチスケールな分子シミュレーション基盤の構築を進めている。例えば、がん疾患に関連が深いクロマチン構造の分子シミュレーションを実現するには、 多様な構造状態を探索する手法の開発が必要となる。本セミナーでは、Tri-nucleosome系を例に、XFELデータ同化による生体高分子構造多形推定に関する 研究成果を中心に報告する。加えて、高精度粗視化AI力場開発など分子シミュレーション基盤の開発方針について述べる。

参考文献:

  1. "Hybrid approach for structural modeling of biological systems from X-ray free electron laser diffraction patterns", Tokuhisa, A., Jonic, S., Florence, T., Miyashita. O., Journal of structural biology Volume 194, Issue 3, June, 325-336 (2016).
  2. "High-speed classification of coherent X-ray diffraction patterns on the K computer for high-resolution single bio-molecule imaging", Tokuhisa A., Arai J., Joti Y., Ohno Y., Kameyama T., Yamamoto. K., Hatanaka M., Gerofi B., Shimada A., Kurokawa M., Shoji F., Okada K., Sugimoto T., Yamaga M., Tanaka R., Yokokawa M., Hori A., Ishikawa Y., Hatsui T., Go N., Journal of Synchrotoron Radiation, 20, Part 6, 899-904 (2013)
  3. "Classifying and assembling two-dimensional X-ray laser diffraction patterns of a single particle to reconstruct the three-dimensional diffraction intensity function: resolution limit due to the quantum noise", Tokuhisa A., Taka J., Kono H., Go N., Acta Crystallographica A, 68, 336-381 (2012)

言語: 日本語

※外部からお越しの方へ
入構カードを受け取る必要があります。量子系分子科学セミナーの参加者である旨を、次の世話人の名前いずれかと共に受付までお伝えください。
内線 (8441):中嶋隆人 (8447):米原丈博

過去にあったセミナー

2017年度

(第30回) 2017/12/4 松井正冬 氏 (京都大学)

"分子軌道論とバンド理論のハイブリッド計算手法の開発:担持金属触媒の埋め込みクラスターモデル "

(第29回) 2017/11/17 川下理日人 氏 (近畿大学)

"計算化学的手法による蛋白質間相互作用の解析と蛋白質間相互作用阻害剤の探索"

(第28回) 2017/10/2 山下雄史 氏 (東京大学)

"分子動力学シミュレーションによるタンパク質の分子認識の研究:分子デザインへの挑戦"

(第27回) 2017/9/4 島村孝平 (神戸大学)

"非平衡不規則系で起こる化学反応の理解を目的とした第一原理分子動力学法の開発"

(第26回) 2017/7/6 瀬波 大士 (京都大学)

"場の量子論に基づく電子スピンの方程式と電子のカイラリティ"

(第25回) 2017/6/2 竹中 規雄 (名古屋大学)

"Red Moon法による二次電池負極界面における被膜形成機構の理論的解析"

2015年度

(第21回) 2015/11/26 Prof. Marek J. Wojcik (Jagiellonian University, Poland)

"Vibrational Spectroscopy of Hydrogen-Bonded Complexes, Liquids and Solids"

(第20回) 2015/10/19 Prof. Shridhar R. Gadre (Indian Institute of Technology, Kanpur)

"Structures and spectra of large molecular clusters via electrostatic insights and tailoring approach"

(第19回) 2015/7/9 石塚 良介 助教 (大阪大学大学院 基礎工学研究科)

"エネルギー表示法によるイオン液体中の二酸化炭素の自由エネルギー解析"

(第18回) 2015/6/5 大塚 教雄 博士 (理化学研究所 生命システム研究センター)

"インシリコ創薬における電子状態計算手法の基盤技術化への取り組み"

(第17回) 2015/6/4 山本 武志 助教 (京都大学大学院 理学研究科化学専攻)

"電子状態計算に基づく電子分極モデルとパラメタの決定、およびQM/MM静電相互作用のモデル化について"

(第16回) 2015/5/18 小堀 知輝 博士 (理化学研究所 生命システム研究センター)

"Computational Drug Discovery based on Molecular Docking and Binding Free Energy calculation"

2014年度

(第15回) 2014/10/2 Dr. Sandeep Sharma (Princeton University)

"Tackling new problems and revisiting old ones using matrix product states"

(第14回) 2014/8/20 Dr. James S. M. Anderson (RIKEN, Computational Condensed Matter Physics Lab.)

"GKCI Truncation of the FCI Expansion for Solving the Electronic and Nuclear Schrodinger Equations"

(第13回) 2014/6/20 Prof. Bhanu Pratap Das (Theoretical Physics and Astrophysics Group, Indian Institute of Astrophysics, India)

"The God Particle (Higgs Boson): Computing its Footprints in an Atom"

(第12回) 2014/5/9 大西 拓 助教 (三重大学大学院工学研究科分子素材工学専攻・三重大学極限ナノエレクトロニクスセンター)

"Kohn-Sham DFT計算による分子軌道解析とエネルギー関連物質のマテリアルデ
ザイン"

2013年度

(第11回) 2014/2/26 前田 理 准教授 (北海道大学大学院理学研究院化学部門)

"化学反応経路自動探索プログラムGRRMの開発と応用: 超並列化の可能性と展望"

(第10回) 2013/10/25 岸 亮平 助教 (大阪大学大学院基礎工学研究科)

"分子系の構造-光学応答物性相関を明らかにする理論化学的アプローチ"

(第9回) 2013/7/24 田代 基慶 特任助教 (分子科学研究所)

"内殻軌道から2つの電子が電離した分子に関する理論的研究:その特性および崩壊の機構について"

(第8回) 2013/6/26 初井 宇記 博士 (理化学研究所 播磨研究所 放射光科学総合研究センター)

"SACLAにおける物質・X線間の新しい相互作用:量子化学との接点"

(第7回) 2013/4/30 Prof. Marcus Elstner (Karlsruhe Institute of Technology)

"Multi-scale Methods for the Investigation of Biological Structures and Processes"

(第6回) 2013/4/9 Prof. Marek J. Wojcik (Jagiellonian University)

"Spectroscopy of hydrogen bond - theoretical modeling of spectra and proton tunneling"

(第5回) 2013/3/26 Prof. Pitor Piecuch (Michigan State University)

"Local Coupled-Cluster Methods for Chemical Reaction Pathways Involving Large Molecular Systems"

2012年度

(第4回) 2012/12/20 小杉 太一 博士 (産業技術総合研究所)

"平面波基底+PAW法による第一原理電子状態計算のための先端的手法の開発と応用"

(第3回) 2012/9/5 今村 穣 博士 (早稲田大学)

"次世代密度汎関数理論の開発"

(第2回) 2012/3/23 Prof. G. Narahari Sastry (Indian Institute of Chemical Technology, Hyderabad)

"The Range and Relevance of Cation-pi interactions in Chemistry and Biology"

(第1回) 2012/3/8 Prof. Emmanuel Fromager (Université de Strasbourg)

"Multideterminal density-functional theory based on partially interacting electrons for both ground and excited states"